Objawy refluksu mogą być różne, ale najczęstszym i najbardziej charakterystycznym objawem jest zgaga. Refluks i zgaga to dwa pojęcia, które często są używane zamiennie, ale są one nieco różne. Zgaga to uczucie pieczenia w górnej części brzucha, które może promieniować do klatki piersiowej i gardła. Jest to spowodowane cofaniem się kwasu żołądkowego do przełyku. Refluks to samo cofanie się treści żołądka do przełyku. Może on prowadzić do zgagi, ale może także objawiać się inaczej np. uczuciem zatkanego nosa, kaszlem, chrypką lub suchością w ustach. Zgaga jest jednym z objawów choroby, ale nie jest to jej jedyna manifestacja. Ponadto, zgaga może wystąpić również w innych stanach, takich jak stres, spożycie zbyt ostrej lub tłustej żywności, picie alkoholu czy palenie papierosów
